Nach Brockhaus untersucht die Baubiologie die tierischen und pflanzlichen Schädlinge von Baustoffen (zum Beispiel Anobien, Hausschwamm, Schimmelpilze und Anderes), entwickelt Schutzmaßnahmen und Mittel zur Bekämpfung und untersucht auch den (schädigenden) pflanzlichen Bewuchs an Betonoberflächen.

Andere Auslegungen beinhalten das Ziel eines „Gesunden Bauen und Wohnens“. Die ganzheitliche Betrachtung physiologischer, psychologischer, technischer und bauphysikalischer Zusammenhänge dient dazu, die Wechselwirkung zwischen Lebewesen und Bauwerken zu verstehen. Die Einflussnahme geht aber viel weiter und sollte auch Erkenntnisse aus den speziellen Soziologien und der (Arbeitsmedizin berücksichtigen. Eine klare Grenze kann nicht gezogen werden, damit wird auch die Komplexität deutlich.

In der Praxis wird dieser Begriff für die Lehre von den ganzheitlichen Beziehungen zwischen Lebewesen und Bauwerken verwendet. Sind diese Beziehungen gestört, so wirkt sich das nachteilig auf die Gesundheit und Leistungsfähigkeit des Menschen aus. Der Fortschritt hat das Ziel eines glücklichen, gesunden und zufriedenen Zusammenlebens – der inneren und äußeren Harmonie. Ebenso werden Erkenntnisse abgeleitet, um umweltschonende und schadstofffreie Baustoffe und Bautechniken zu entwickeln. Diese Lehre wird Baubiologie genannt. Seit vielen Jahrzehnten werden arbeitswissenschaftlichen Untersuchungen vorgenommen. Die Erkenntnisse sind zum Beispiel in der Arbeitsstättenverordnung, in der Maximale Arbeitsplatz-Konzentration (MAK-Wert), in Verordnungen, Richtlinien und Normen aufgenommen. Nicht berücksichtigt werden Wohnungen, obwohl hier zum Teil höhere Anforderungen gestellt werden sollten. Dies hängt damit zusammen, dass MAK-Werte eine Exposition von 8 Stunden pro Tag und 5 Arbeitstage pro Woche berücksichtigen. In einer Wohnung hält man sich bis zu 24 Stunden pro Tag auf. Die Nachtruhe dient zur Erholung und es sollten daher möglichst wenige äußere Einflüsse einwirken.

Die Berufsbezeichnung Baubiologe/Baubiologin ist nicht staatlich geschützt, das heißt, es kann sich jeder so nennen, auch Wünschelrutengänger sowie Anhänger von Para- und Pseudowissenschaften. Es werden baubiologischen Labels und Prüfzeichen von verschiedenen Gruppen und Institute herausgegeben. Diese können verwirren oder zu Kaufentscheidungen führen. (Hierzu auch einige kritische Anmerkungen zu Öko und Bio).

Beispielhaft sollen ausgewählte Komplexbereiche genannt werden.

Mit den heutigen modernen Baustoffen, Bautechnologien und gesetzlichen Vorschriften werden oft Grenzbereiche überschritten. Es treten unerwünschte Nebenerscheinungen auf, wie unerwünschte biologische Bauschäden durch Pilze, Bakterien und andere Mikroorganismen, die auch zu gesundheitliche Probleme für die Gebäudenutzer führen, zum Beispiel Allergien. Der Wirkungszusammenhang ist nur in den wenigsten Fällen eindeutig erkennbar und deren langzeitliche Auswirkung unbekannt. Einseitig punktuelle Untersuchungen sowie Behauptungen ohne gründliche theoretische und praktische Untermauerung sind hier wenig hilfreich. So stützt sich die Energieeinsparverordnung auf Laborergebnisse und theoretische Annahmen. So wurden zum Beispiel bis heute noch keine geometrische Wärmebrücke im instationären Bereich durchgemessen. Den Einfluss von innen und außen auf eine Fassade kann bis heute noch niemand beziffern und regnet es dann noch drauf und man sollte zusätzlich die Verdunstung berücksichtigen sowie die Wärmeableitung von fließendem Wasser unter gleichzeitiger Erhöhung der Wärmespeicherkapazität und damit erhöhten Wärmeaufnahmefähigkeit der Strahlung, so wird das sehr komplex. Damit die niedrigen theoretischen U-Werte nicht durch den Wärmeverlust durch die erforderliche hygienische Lüftung aufgehoben werden, darf nur noch minimal gelüftet werden. Die Folge ist der Anstieg von radioaktiven und anderen Stoffgemischen in der Raumluft. (Siehe hier auch unter Radon.) Wenn auf der Grundlage gesetzlicher Zwangsmaßnahmen die Gesundheit ruiniert wird, braucht man sich wenig Gedanken über den wenige 100 Meter entfernten Funkmast wegen möglichen Elektrosmog machen.

Zur komplexen Betrachtung von Stoffkreisläufen gehören zum Beispiel der Kohlenstoff-, Stickstoff- und Schwefelkreislauf, wo die in Pflanzen und Tieren vorkommende organische Verbindungen abbauen und wieder in den mineralischen Zustand überführen. Zu den Energiekreisläufen der Gebäude und Bauteile gehören die Bewertungen der Rohstoffgewinnung, Baustoffherstellung, Nutzung, Instandhaltung, notwendige Hilfsstoffe, die Weiter- beziehungsweise Wiederverwendung oder umweltverträglichen Entsorgung sowie der Energieverbrauch während der Nutzungsphase. Hier ist auch die Beachtung von Primärenergie, Wasserverbrauch, Düngemittel, Konservierungs- beziehungsweise Schutzmittel bei organischen Baustoffen vorzunehmen.

Die Gleichung
Naturprodukt = gesund, Industrieprodukt =ungesund,
ist nicht so einfach aufzumachen. Eine Vielzahl veröffentlichte Untersuchungen belegen dies.

Konventionelle Baustoffe sind in der Regel besser erforscht und stellen so meist toxikologisch und bautechnisch ein geringeres Risiko dar. Das bedeutet jedoch nicht, dass alternative Baustoffe schlechter sind, sondern sie sind weiter zu entwickeln. Baustoffe und Baukonstruktionen sind dort zum Einsatz zu bringen, wo sie hingehören und nicht dort, wo man sie hinwünscht.

In Wikipedia wird die Baubiologie grob in drei Richtungen unterschieden:
Bei der naturwissenschaftlichen Orientierung wird versucht, mit naturwissenschaftlichen Methoden ein optimales Wohn- und Arbeitsumfeld zu schaffen. Alle Erkenntnisse entsprechen dem Stand der Forschung und man geht weitgehend davon aus, dass die wichtigsten Einflüsse wissenschaftlich erfasst sind.
Bei der grenzwissenschaftlichen Orientierung wird davon ausgegangen, dass die Einflüsse auf den Menschen von der Wissenschaft nur zu einem geringen Teil erfasst werden. Die daraus resultierenden Maßnahmen sind dabei teilweise ebenso umstritten wie die zugrunde gelegten Ansätze. So liegen zum Beispiel baubiologisch empfohlene Grenzwerte um den Faktor 100 – 1.000.000 unter den anerkannten Grenzwerten.
Bei der ökologischen Orientierung werden Maßnahmen empfohlen, die die Ökobilanz eines Bauwerkes erhöhen. Bei dieser Betrachtung sind baubiologische Effekte erwünscht, stehen aber nicht im Mittelpunkt.